Existe un buen número de desórdenes en la percepción musical, como es la amusia (“carente de música”) congénita. La amusia hace referencia a un espectro variado de trastornos que impide reconocer tonos o ritmos musicales o de reproducirlos. Su prevalencia es de alrededor del 4%. Existen varios tipos de alteraciones clínicas relacionadas con la amusia. Por ejemplo, existen pacientes incapaces de silbar o cantar (amusia motora). También aquellos que experimenten amnesia musical (incapaces de reconocer canciones familiares), incapaces de leer música (alexia musical) o escribirla (agrafia musical)

Existen evidencias en la literatura que apuntan a que la amusia congénita tiene una fuerte base genética (ver por ejemplo, Perezt et al. The genetics of congenital amusia (tone deafness): a family-aggregation study. Am J Hum Genet 2007, 81(3):582-588). La amusia se puede manifestar de distintas maneras. Este tipo de sordera puede afectar a la perfección del tono, es decir, el que padece amusia para el tono es incapaz de percibir la altura relativa de las notas, las diferencia entre las notas de una melodía. En vez de notas que siguen un patrón tonal, esta afección solamente permite a aquellos que padecen amusia percibir ruidos monótonos que non tienen un significado musical claro. En otras ocasiones, el que padece amusia tiene afectada su capacidad para percibir el ritmo; en consecuencia, también tienen dificultades para bailar y ejecutar tareas que exigen destrezas rítmicas.

 
La amusia también se clasifica en receptiva (incapacidad de comprender la música) o expresiva (incapacidad para emitir música). Las zonas del cerebro afectadas dependen del tipo de amusia. El lóbulo temporal derecho está relacionado con el reconocimiento de melodías y el tono musical, mientras que el derecho está relacionado con el análisis el análisis del tono, el ritmo y el tempo.
La amusia puede ser también adquirida, y existe un número elevado de casos descritos en la literatura sobre trastornos neurológicos.